SEARCH
it | en |

Biologia Molecolare

BioRep offre servizi di biologia molecolare di alta qualità, tra cui purificazione di acidi nucleici, sequenziamento, genotipizzazione. A partire da analisi eseguite su DNA e RNA tramite PCR (Polymerase Chain Reaction) e conseguente sequenziamento o separazione elettroforetica in base alle dimensioni dei frammenti degli acidi nucleici, i laboratori di biologia molecolare BioRep hanno ottimizzato una grande varietà di test genetici, permettendo analisi e studi che vanno dalla genetica molecolare e oncologia molecolare (test predittivo, diagnosi precoce) alla farmacogenetica (risposta individuale ed effetti collaterali dei farmaci), all’individuazione di marcatori genetici per malattie specifiche (trombofilia ereditaria). Il personale BioRep è in grado di offrire un servizio completo di consulenza scientifica e tecnica per la creazione di metodi personalizzati per l’analisi degli acidi nucleici, che comprendono la purificazione degli acidi nucleici da diverse fonti, la scelta dei primers adeguati, l'amplificazione e l'analisi della sequenza finale.


   


Purificazione acidi nucleici

Il laboratorio è in grado di estrarre DNA (genomico, plasmidico) e RNA totale da diverse matrici biologiche (sangue, linee cellulari, saliva, tessuti paraffinati, microrganismi). Sono inoltre disponibili metodi per la purificazione di microRNA a partire da sangue o da colture cellulari. Gli acidi nucleici ottenuti vengono sottoposti ad accurati controlli di qualità. In particolare RNA e microRNA sono analizzati su piattaforma microfluidica per determinare, ad esempio, l’integrità (RIN –RNA integrity number). Gli acidi nucleici estratti possono essere successivamente aliquotati e conservati all’interno dell’area di BioRep dedicata allo stoccaggio.

Genotipizzazione, determinazione del sesso e sequenziamento tramite sequenziamento capillare

La genotipizzazione viene applicata per analizzare le differenze genetiche tra individui o cellule. BioRep offre l’analisi di marcatori microsatelliti polimorfici attraverso l’amplificazione di DNA (PCR Polymerase Chain Reaction) e successiva elettroforesi capillare. Tale servizio ha trovato applicazione, ad esempio, in studi di zigosità tra gemelli, oppure nella verifica dell’identità di campioni pervenuti. Oltre a questo è possibile indagare il numero di ripetizioni di determinate sequenze nucleotidiche note per essere associate a malattie genetiche (ad esempio la ripetizione della tripletta “CAG” legata alla malattia di Huntington). La determinazione del sesso viene effettuata attraverso l’amplificazione (PCR) di una porzione del gene dell’Amelogenina e successiva elettroforesi capillare.

BioRep offre diversi servizi basati sul sequenziamento del DNA, a partire da prodotti di amplificazione oppure da DNA plasmidico La reazione di sequenziamento utilizzata si basa sull’uso di terminatori marcati con fluorocromi e successiva elettroforesi capillare. In base alle richieste possono essere effettuati sequenziamenti del singolo filamento di DNA o di entrambi.

BioRep fornisce anche l’intero processo di sequenziamento a partire dall’estrazione del DNA/RNA dal campione di partenza, l’amplificazione e il successivo sequenziamento. Ulteriori servizi disponibili sono la ricerca di SNP (Single Nucleotide Polymorphism), analisi AFLP (Amplified fragment length polymorphism), RFLP (Random fragment length polymorphism), SSCP (Single-Stranded Conformation Polymorphism). La consulenza per la scelta dei primers più adatti e un’analisi dei dati ottenuti completano il pacchetto dell’offerta del servizio di sequenziamento di BioRep. Su richiesta possono essere effettuate quantificazioni di DNA attraverso Real time PCR, oppure di RNA o microRNA attraverso Real Time RT-PCR.


   


Analisi microbiologiche

Attualmente il laboratorio di microbiologia esegue test di individuazione della contaminazione da micoplasma su linee cellulari. Queste analisi sono basate su metodi molecolari, in particolare si va ad amplificare la regione di genoma codificante il 16S rRNA attraverso l’uso di primers specifici. Questo permette di individuare la presenza di diverse specie di micoplasma. Tale tecnica è altamente sensibile e richiede minime quantità di campione. Altre metodiche di indagine offerte sono la crescita su terreni specifici per micoplasma e la colorazione di Hoechst. È inoltre possibile effettuare identificazioni di batteri (ad esempio: Escherichia coli, Bacillus subtilis, Pseudomonas aeruginosa, Salmonella enterica) attraverso il sequenziamento della regione 16S rRNA. Tali identificazioni sono utili per affinare il controllo qualità di aziende alimentari, farmaceutiche e cosmetiche.

Sequenziamento NGS

Biorep è dotata di una piattaforma NGS di Illumina con strumentazione in  grado di soddisfare diverse esigenze di coverage (NextSeq500 e MiSeq).